短篇小説『檸檬』的舞台是大正時期的京都，書中敘述主角在丸善店內的畫冊上擺放一顆假想為炸彈的加州產檸檬，旋即默默離去的奇妙故事。作者梶井基次郎患有肺結核，在當時(1925年)肺結核仍屬不治之症，因此年僅31歲就不幸病逝，後世書評家推論梶井基次郎應是將面臨死亡的恐懼與久病不癒鬱悶的心情，寄託於一顆虛構卻又鮮明的檸檬手榴彈，暗喻檸檬可以一口氣爆發解脫身心的枷鎖。
1931年小說出版當時，第一代的丸善書店尚落腳於三条通上，1940年才遷移至河原町通的BAL大樓。小說中主角購買檸檬的寺町通二条通轉角的蔬果店「八百卯」位在丸善的幾條街外，原本一樓是販售高級蔬菜水果，二樓則是水果聖代專賣店，也非常遺憾在丸善熄燈4年後的2009年年初關門大吉。
好消息是在眾多粉絲的殷殷期盼之下，日前丸善書店宣佈將在2015年的春天，於第二代店址目前正在進行改裝工程的京都BAL大樓重新復活開幕。從2005年到2015年，10年，真的是執著又漫長的等待。據說當地的書迷們亦正在蘊釀奔走希望讓蔬果店「八百卯」也能夠在2015年再重新掛上招牌開張。
萬城目學的小說「荷爾摩六景」中第三景主角的朋友「阿基」，其實就是以梶井"基"次郎為創作題材，描述年輕男生努力寫情書想告白的故事，當然故事中也沒忘置入帶一顆檸檬到丸善這個經典梗。因此萬城目學對於此事也十分高興，他說：「因為有丸善這家書店的存在，才能讓"檸檬炸彈"這個小說場景得以鮮活地留存在人們的記憶之中。」
丸善書店的官網有一頁專題「文豪に愛された丸善」詳述日本各大文豪筆下的丸善，即便是有如此多光環加持的老牌書店，面對電子書籍強攻市場的時代，傳統紙本印刷品要求生存如履薄冰。丸善復活這件事，應可以稱得上是人們的「集體回憶」對抗企業「整體利益」的小小成功逆襲。
